إن أهم التحديات التي تواجه قطاع المياه بشكل عام وشركة مياه اليرموك بشكل خاص هي شح مصادر المياه وتباعد التجمعات السكانية وعدم توفر الموارد المالية لتنفيذ المشاريع الكبرى لخدمة اقليم الشمال بمحافظاته الاربع لذا تعتبر ادارة قطاع خدمات المياه والصرف الصحي من اكثر القطاعات تعقيدا من حيث متطلبات التشغيل المكلفة والصيانة الدائمة والمراقبة المخبرية والمعالجة الفورية كل هذا في ظل نقص الموارد وتناقص انتاج البعض الاخر والزيادة المستمرة في الطلب في كل عام فهي حاجة ليس بمقدورأحد العيش بدونها.
حيث تعمل شركة مياه اليرموك على تشغيل وصيانة وتوزيع المياه في شمال الاردن والتي يقع على عاتقها اعباءا كبيرة من أجل ايصال خدماتها للمواطنين ضمن رقعة جغرافية متنوعة التضاريس تزيد من صعوبة العمل مما يفرض عليها بذل الجهود المضاعفة الى جانب الحاجة لتأهيل العديد من الخطوط الناقلة والشبكات القديمة التي جرى تنفيذها منذ عشرات السنوات لتخدم عددا معين من السكان ولم تعد تفي بالغرض بالتوازي مع الزيادة السكانية وزيادة المخدومين عليها وما يتطلبه ذلك من اموال طائلة لاجل تشغيل مصادر مائية إضافية كافية وإنشاء محطات جديدة ومضخات حديثة بقدرات أكبر وتوسع في تنفيذ خطوط ناقلة وفرعية وزيادة في استهلاك الطاقة.
وتضع الشركة ضمن سياستها وخططها الاستراتيجية الخطة التنفيذية 2018 – 2025 ضمن اولوياتها والمتضمنة تخفيض فاقد المياه بكل اشكاله والذي وصل الى 45% من خلال تأهيل الشبكات القديمة والتالفة وتفعيل الرقابة الدائمة في موضوع الاستخدامات غير المشروعة والاستجابة السريعة لصيانة الشبكات وتشديد الرقابة على قراءةالعدادات وتخفيض فاتورة الطاقة بتنفيذ مشاريع للطاقة البديلة لتشغيل المصادر المائية الرئيسية والعمل ما امكن على تخفيض الكلفة التشغيلية بتفعيل برامج وانظمة مالية وانظمة محوسبة في جميع مجالات عمل الشركة .